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Im Berliner Nahverkehr bringt der Fahrplanwechsel einige Angebotsverbesserungen auf den Linien der BVG. Bei der S-Bahn wird der Umbau des Ostkreuzes sich ab dem kommenden Spätsommer erheblich auf die Linienführungen auswirken. Auch im Berliner Umland bringen Bauarbeiten einige Änderungen im Schienenverkehr, vor allem die Strecke in Richtung Hamburg ist betroffen.
Die größten Auswirkungen wird der Austausch der schadhaften Schwellen zwischen Nauen und Wittenberge auf der Hamburger Bahn haben: Zwischen dem 14. März und dem 13. Juni 2009 ist dieser Abschnitt total gesperrt. Diese Vorgehensweise wurde gewählt, weil die Probleme so innerhalb von drei Monaten behoben werden können. Alle anderen Varianten hätten den Bahnverkehr deutlich längere Zeit massiv behindert.
Die Fernverkehrszüge zwischen Berlin und Hamburg werden über Stendal und Salzwedel umgeleitet. Wer von Berlin nach Wittenberge und weiter nach Schwerin und Wismar fahren möchte, kann dies mit der Linie RE 2 tun, die über Rathenow hinaus verlängert wird. Die Stationen zwischen Nauen und Wittenberge werden mit Ersatzbussen bedient. Leider ergeben sich längere Fahrtzeiten.
Dafür sind die Arbeiten an der Frankfurter Oderbrücke abgeschlossen, wodurch auch die bisherigen Einschränkungen auf der Ostbahn (Linie NE 26) wegfallen. Die Streckensanierung zwischen Werbig und Kostrzyn wird nun fahrplanwirksam. Da ab dem Fahrplanwechsel außerdem die Umsteigezeiten in Kostrzyn verkürzt werden, ist Gorzów Wielkopolski dann deutlich schneller zu erreichen.
Ab dem 31. August des kommenden Jahres kann die Verbindungskurve zwischen der Stadtbahn und dem Ring wegen des Umbaus am Ostkreuz nicht mehr genutzt werden. Daher kann die Linie S 9 nicht mehr den gesamten Linienweg von Spandau bis Schönefeld fahren. Stattdessen wird die S 9 von Schönefeld über den Ostring bis nach Blankenburg fahren. Die auf der Stadtbahn bis Spandau entfallenen Leistungen der S 9 werden durch Züge der S 75 ersetzt. Außerdem wird es Änderungen bei den Linien S 45 und S 47 auf dem Südring sowie Anpassungen bei der Linie S 85 geben.
Da am Wochenende die frühen U-Bahn-Züge schwach genutzt werden, dafür aber am frühen Abend zusätzlicher Bedarf besteht, wird die Taktverdichtung auf vielen U-Bahn-Linien um eine Stunde nach hinten verschoben.
Die Straßenbahnlinie 12 (Weißensee, Pasedagplatz – Mitte, Am Kupfergraben) wird wochentags tagsüber von einem 20- auf einen 15-Minuten-Takt umgestellt. Es wird also eine echte Angebotsausweitung geben.
Ein verstärktes Angebot wird es auch bei einigen Buslinien geben, darunter die Linien X 11, X 33, 115 und 125. Insgesamt 18 Bushaltestellen der BVG werden umbenannt (Pressemeldung VBB, 19.11.08).