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Mit der Übergabe des Modells eines S-Bahn-Zuges an Dr. Tobias Heinemann reichte Günter Ruppert am 02.05.07 symbolisch die Führungsverantwortung bei der S-Bahn Berlin weiter. Heinemann folgt damit Günter Ruppert, der seit Gründung der GmbH im Jahre 1994 Mitglied der Geschäftsführung war und hier lange Zeit für die Bereiche Produktion und Technik verantwortlich zeichnete. 1998 übernahm Ruppert zusätzlich die Sprecherfunktion.
Unter Günter Rupperts Führung erlebte die S-Bahn Berlin den stärksten Aufschwung ihrer Geschichte. Seit 1998 stiegen die Fahrgastzahlen des Unternehmens um 100 Millionen auf heute jährlich rd. 376 Millionen. Der Umsatz erhöhte sich von 422 Millionen (1998) auf 487 Millionen Euro im Jahr 2005. Die Kundenzufriedenheit erreichte 2006 den höchsten Stand seit Beginn der Befragungen. Günter Ruppert ist maßgeblich für den Erfolg der S-Bahn Berlin verantwortlich.
Mit der Übergabe an Dr. Tobias Heinemann – seit 1999 bei der DB AG – vollzieht die S-Bahn einen Generationswechsel. Seit 1994 standen umfangreiche Investitionen in die Fahrzeuge sowie die Modernisierung der Stadtbahn und die Wiederinbetriebnahme des S-Bahn-Ringes im Vordergrund. In den kommenden Jahren muss sich die S-Bahn bei zunehmendem Wettbewerb erfolgreich behaupten. Die wichtigste Aufgabe für Dr. Heinemann besteht darin, die Strukturen der Berliner S-Bahn auf die sich verändernden Bedingungen einzustellen. Mit seiner Kompetenz wird er diese Herausforderung meistern und den Erfolg der S-Bahn fortsetzen (Pressemeldung Deutsche Bahn, 03.05.07).