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Aufgrund der Streckensperrung zwischen Nienhagen und Halberstadt verkehrt der Harz-Berlin-Express am Wochenende 18.-20. Mai sowie am Pfingstwochenende 25.-28. Mai 2007 zu geänderten Fahrtzeiten.
In Richtung Berlin startet der Zug mit zum Teil abweichenden Fahrzeiten, ab Thale 17:16 Uhr, ab Quedlinburg 17:29 Uhr (statt 17:43 Uhr) und ab Halberstadt 18:07 Uhr (statt 18:01 Uhr). Wegen der baubedingt geänderten Fahrtroute hält er nicht in Oschersleben, Magdeburg und Genthin. Dadurch entstehen längere Fahrzeiten und der Zug hält in Potsdam-Rehbrücke (statt Potsdam-Hauptbahnhof). Die Berliner Bahnhöfe werden erst etwa 30 Minuten später erreicht. Ankunft in Berlin Ostbahnhof ist um 21:12 Uhr (statt 20:37 Uhr).
Auf der Rückfahrt von Berlin in den Harz am Samstag oder Sonntag früh fährt der Harz-Berlin-Express bereits um 06:47 Uhr von Berlin Ostbahnhof sowie Alex (6:51), Friedrichstraße (6:55), Zoo (7:04), Wannsee (7:15), Potsdam Hbf (7:22) und Ankunft in Halberstadt ist um 10.07 Uhr (statt 9:57 Uhr). Reisende in Richtung Thale fahren ohne Umstieg um 10:13 Uhr ab Halberstadt weiter und erreichen Quedlinburg um 10:29 Uhr und Thale um 10:41 Uhr. In Richtung Wernigerode besteht in Halberstadt baubedingt Anschluss mit dem Bus um 10:13 Uhr.
Ab dem 8. Juni verkehrt der Harz-Berlin-Express wieder planmäßig und dann sogar wieder direkt ab Wernigerode (Pressemeldung Veolia Verkehr Sachsen-Anhalt GmbH, 17.05.07).